La Città antichissima , centro dauno fiorente fin dal VII secolo a.C., Canosa fu raggiunta dall'espansione romana nel 318 a.C., quando le aristocrazie che guidavano la città scelsero di stipulare l'alleanza con Roma, pur continuando a mantenere una discreta autonomia, come dimostra il fatto che Canusium continuasse a batter moneta.
Divenne municipium nel I sec. a.C. e, durante l'età di Antonino Pio (seconda metà II secolo d.C.), assunse il nuovo status giuridico di Colonia Aurelia Augusta Pia Canusium, che fu accompagnato da un profondo rinnovamento urbano grazie all'intervento di Erode Attico, legato imperiale con proprietà nella zona. In età tardoantica (IV-VI secolo d.C.) la città divenne capoluogo della provincia Apulia et Calabria, sede quindi del governatore provinciale, oltre che diocesi.
Canosa visse un altro periodo di splendore sotto la guida del vescovo Sabino (514-566 d.C.), poi divenuto santo patrono della città: in questa fase la città andava riorganizzandosi lungo il pendio nord-est del colle del castello, abbandonando le zone centrali basse. Con la dominazione longobarda, tra VII e VIII secolo, Canosa tornò a rivestire un ruolo di dominio nella regione, in quanto sede del gastaldo. Seguì un altro periodo di difficoltà, a causa delle incursioni saracene, tra le quali particolarmente grave fu quella dell'875. Negli anni successivi, la ripresa della Puglia da parte dei Bizantini determinò un periodo favorevole, che durò fino all'XI secolo, quando i governanti scelsero Bari come sede del catepano, spostando quindi i loro interessi sui centri costieri.
Questa politica di isolamento continuò anche dopo la conquista normanna , per quanto i principi della dinastia mostrarono interesse per la città, dove scelse di essere seppellito Boemondo, figlio di Roberto il Guiscardo, nel XII secolo. Ancora in età sveva si provvide a ristrutturare il castello, nel quale risedette anche Manfredi per un certo periodo; con gli Angioini lo stesso fu adibito a prigione e la città subì danni dalle lotte per la successione. Fu al centro di un duro assedio che vide gli Spagnoli opposti ai Francesi, nel 1502 e, pochi anni più tardi, divenne feudo dei Grimaldi per oltre un secolo e poi di altre famiglie fino ai Capece Minutolo, nel XVIII secolo. La città di Canosa, che è entrata a far parte della sesta provincia pugliese , continua a mantenere un'economia in buona parte basata sull'agricoltura, in particolare sulla coltivazione dell'olivo e della vite, ma è anche notevolmente cresciuta nei settori industriali, soprattutto nel manifatturiero.